Als Assimilation bezeichnet man Stoff- und Energiewechsel der aufgenommen, körperfremde Stoffe mit Energiezufuhr in körpereigne Verbindungen umwandelt. Man unterscheidet zwischen Kohlenstoff-, Stickstoff-, Schwefel-, Phosphat- und Mineralstoff-Assimilation unterschieden.
Der umgekehrte chemische Stoffwechsel wird als Dissimilation bezeichnet.